روش دقیق جراحی واژینوپلاستی وارونگی آلت تناسلی به مهارت پزشک و وضعیت بیمار بستگی دارد. اما به طور کلی جراحی تغییر جنسیت به روش وارونگی آلت تناسلی، مراحل زیر را دارد

1. بیهوشی و آماده سازی: در طول جراحی واژینوپلاستی به روش وارونگی آلت تناسلی، فرد تحت بیهوشی عمومی قرار میگیرد و پاهای خود را بالا قرار میدهد. جراحی معمولا بین سه تا پنج ساعت طول میکشد. تیم جراحی، محل را تمیز کرده و برای جراحی آماده میکنند
2. برش: این جراحی با باز کردن آلت تناسلی با یک برش از خط وسط شروع میشود و باعث میشود که اجسام غاری و ساقه عصبی واسکولو قابل مشاهده باشند. محل دقیق و طول برش ممکن است بسته به تکنیک جراح و وضعیت فردی بیمار متفاوت باشد
3. جداسازی آلت تناسلی: جراح با دقت پوست آلت تناسلی را باز کرده و بافت نعوظ را جدا میکند و در عین حال ساختارهای عصبی و عروقی را حفظ میکند. از بخشی از سر آلت تناسلی برای ایجاد کلیتوریس استفاده شده و بخش عمده پوست آلت هم برای ساخت واژن به کار میروند. بقیه اجرای آلت تناسلی مردانه مثل اجسام غاری که وظیفه نعوظ را به برعهده دارند و نیز مجرای ادرار به کل برداشته میشوند. مجرای ادرار کوتاه شده و در بالای ورودی واژن قرار میگیرد. بافت های اطراف مجرای ادرار که باعث نعوظ میشوند، تا حد امکان برداشته شده تا در زمان تحریک جنسی بزرگ نشوند و به واژن آسیب نرسانند. در صورت امکان تیم جراحی از باقی مانده مجرای ادرار برای ساخت لابیا مینور یا داخل واژن استفاده میکنند، زیرا مجرای ادراری بافت مخاطی مشابه با داخل واژن دارد
4. آماده سازی پوست کیسه بیضه: طناب های اسپرماتیک قطع میشوند و بیضه ها برداشته میشوند، البته از پوست کیسه بیضه و پوست نواحی اطراف برای تشکیل لابیا بزرگ و لابیا مینور استفاده میشود. در برخی موارد، ازپوست باقی مانده کیسه بیضه برای تشکیل لوله ای استفاده میشود که به قسمت انتهایی آلت تناسلی اضافه میشود تا عمق واژن را چند سانتی متر افزایش دهد
5. وارونگی آلت تناسلی و ایجاد واژن: فضای آناتومیکی که در آن واژن قرار خواهد گرفت، بین مثانه و رکتوم (انتهای روده بزرگ) است. از نظر فنی، این بخش پیچیده ترین بخش جراحی است. هنگامی که فضای واژن ایجاد شد، پوست آلت تناسلی به صورت وارونه در این فضا قرار داده میشود تا واژن را ایجاد کند. عمق واژن ایجاد شده در هر بیمار به عوامل مختلفی نظیر، طول آلت تناسلی ومقدار پوست کیسه بیضه و نیز وضعیت آناتومی اندام های داخلی فرد بستگی دارد. اما معمولا جراحان واژنی با عمق ۱۰ سانتی متر را میتوانند ایجاد کنند. هنگامی که واژن ایجاد شود، یک پانسمان مخصوص داخل واژن قرار داده میشود تا در طول دوران بهبودی وضعیت واژن ثابت بماند
6. کلاهک کلیتورال: مرحله بعدی جراحی، ساخت کلیتوریس است. برای ساخت کلیتوریس از کلاهک آلت تناسلی استفاده میشود، لازم به ذکر است که در طی جراحی عروق و اعصاب این ناحیه کاملا حفظ شده تا در آینده فرد بتواند به رضایت جنسی برسد. کلیتوریس در بالای مجرای ادرار قرار میگیرد و یک بخش کلاهک مانند برای حفاظت از آن ایجاد میشود. این بخش جراحی را میتواند در هنگام جراحی اصلی یا بعدا به صورت جداگانه انجام داد. جراح با توجه به وضعیت بیمار و میزان التهاب ناحیه در این باره تصمیم میگیرد
7. لابیاپلاستی: جراحی واژنوپلاستی وارونگی آلت تناسلی پس از بازسازی لابیا کامل میشود: بخشی از پوست کیسه بیضه به لابیا بزرگ تبدیل میشود و در صورت وجود پوست اضافی، میتوان دو چین اضافی برای شبیه سازی لابیا مینور و یک هود کلیتورال ایجاد کرد. در بیشتر موارد میتوان کل جراحی را یکباره انجام داد، اما گاهی ممکن است نیاز باشد که جراحی زیبا سازی واژن بعدا انجام شود
8. بستن برش ها: هنگامی که نئوواژین ساخته شد و سایر اصلاحات مورد نظر انجام شد، جراح با دقت برش ها را بخیه میزند و از بسته شدن درست زخم ها و نیز زیبایی اطمینان حاصل میکند. بعد از عمل از باندهای فشاری استفاده شده و فرد باید حداقل دو هفته از سوند ادراری استفاده کند.